A única penalidade que a Inquisição lhe impôs foi de uma benevolência quase obscena, que hoje soaria como favorecimento ilícito: ele foi condenado a rezar uma vez por semana, durante três anos, os sete salmos penitenciais, podendo fazê-lo em privado, isto é, sem nenhum controle da autoridade. A coisa inteira levava quinze minutos no máximo, e ele ainda não precisava submeter-se à penitência pessoalmente, podendo solicitar que suas duas filhas, ambas freiras, a fizessem em seu lugar. “Nisso consistiu o “martírio” do grande homem.